A Cinege utcai általános iskolát és gimnáziumot évekig csak mint a Budapesti Német Iskolát ismerték. Azonban a magyarországi oktatási szervek rendelkezése időközben arra kötelezi a gimnáziumokat, hogy az intézménynek saját nevet is adjanak. Ez az iskolai közösségnek alkalmat adott arra, hogy egy olyan névadót keressen, aki németek és magyarok számára egyaránt ismert és így nevével hozzájárulhat a gimnázium identitásának megteremtéséhez. Jó okkal esett a választás a német íróra, Thomas Mannra.

A nemzeti szocializmus idején az 1929-ben irodalmi Nobel-díjjal kitüntetett Thomas Mann elhagyta német hazáját. Ebben az időben többször járt Magyarországon is és publikált az itteni németnyelvű újságban, a Pester Lloydban.

Ellentétben a Budapesti Német Iskola alsó fokú osztályaival (1-4. osztály), a Thomas Mann Gimnáziumban van egy német és egy magyar ág is. Az 5-9. évfolyamokban a német illetve német anyanyelvű tanulók az „A” osztályokban tanulnak, a magyar tanulók pedig az „S” osztályokban. Az „S” a „Seiteneinstieg” szót jelöli (magyarul: oldalról történő bekapcsolódás). A magyar gyerekek ezekben az években intenzíven tanulják a német nyelvet, hogy követni tudják a németnyelvű szaktantárgyi órákat. Néhány tárgyban már ezekben az évfolyamokban is kialakítunk vegyes tanulócsoportokat (részintegráció). A 10. évfolyamtól a német és magyar fiatalok vegyes osztályokban tanulnak, és közösen készülnek a német vagy a német és a magyar érettségire (teljes integráció).

A német ág tanulói már korán elkezdenek különböző szinten magyar nyelvet tanulni. Ha tehát egy család a német A ágból úgy dönt, hogy hosszú távú tervei vannak Magyarországon, akkor lehetőség van arra, hogy amennyiben szervezési szempontból ennek nincs akadálya a 8. évfolyam után a magyar ágra váltson, és a német és a magyar érettségit is egyaránt letegye. A tanuló abban az esetben válthat, ha magyar nyelv és irodalomból alkalmassági vizsgát tesz.