A Cinege utcai általános iskolát és gimnáziumot évekig csak mint a Budapesti Német Iskolát ismerték. Azonban a magyarországi oktatási rendelkezések időközben arra kötelezi a gimnáziumokat, hogy az intézménynek saját nevet is adjanak. Ez az iskolai közösségnek alkalmat adott arra, hogy egy olyan névadót keressen, aki németek és magyarok számára egyaránt ismert és így nevével hozzájárulhat a gimnázium identitásának megteremtéséhez. Jó okkal esett a választás a német íróra, Thomas Mannra.

A nemzeti szocializmus idején az 1929-ben irodalmi Nobel-díjjal kitüntetett Thomas Mann elhagyta német hazáját. Ebben az időben többször járt Magyarországon is, és publikált az itteni német nyelvű újságban, a Pester Lloydban.

A Budapesti Német Iskola alsó fokú osztályaival (1-4. osztály), szemben a Thomas Mann Gimnáziumban egy német és egy magyar "ág" is van. Az 5-8. évfolyamokban a német illetve német anyanyelvű tanulók az „A” osztályokban tanulnak, a magyar tanulók pedig az „S” osztályokban. Az „S” a „Seiteneinstieg” szót jelöli (magyarul: oldalról történő bekapcsolódás). A magyar gyerekek ezekben az években intenzíven tanulják a német nyelvet, hogy követni tudják a német nyelvű szakórákat. Néhány tárgyban már ezekben az évfolyamokban is kialakítunk vegyes tanulócsoportokat (részintegráció). A 9. évfolyamtól a német és magyar fiatalok vegyes osztályokban tanulnak, és közösen készülnek a német vagy a német és a magyar érettségire (teljes integráció).

A német ág tanulói már korán elkezdenek különböző szinten magyar nyelvet tanulni. Ha tehát egy család a német "A" ágból úgy dönt, hogy hosszú távú tervei vannak Magyarországon, akkor lehetőség van arra, hogy amennyiben szervezési szempontból ennek nincs akadálya, a 8. évfolyam után a tanuló a magyar ágra váltson, és a német és a magyar érettségit is egyaránt letegye. A váltáshoz magyar nyelv és irodalomból alkalmassági vizsgát kell tenni.